nginxを再起動した際に「nginx: [emerg] bind() to 0.0.0.0:443 failed (98: Address already in use)」といったエラーメッセージが出てきた場合、それは既にそのポート(ここでは443)が別のプロセスによって使用されているためです。
さらに、nginxが正常に起動しないと、sockファイルが生成され、これが再起動を妨げる可能性があります。この問題を解決するためには、まずそのsockファイルを削除する必要があります。
次に、ポート衝突が原因であるかを調査するために、lsofコマンドを使用して、使用中のポートを確認します。例えば、「lsof -i:80」というコマンドは、ポート80を使用しているプロセスをリストします。
この結果から、apacheが起動していてポート衝突を引き起こしていることが分かった場合、apacheを停止します。ここで、「apachectl stop」というコマンドを使用してapacheを停止できます。killコマンドを使って強制終了する必要はありません。